Die Orte Farmsen und Berne wurden beide erstmals 1296 urkundlich erwähnt und gehörten beide zu den Hamburger Walddörfern. Farmsen war dabei als Vermerschen eingetragen, abgeleitet von Fridumareshusen oder Fridumaresheim, das auf die Gründung durch einen fränkischen Siedler namens Fridumar verweist. Der Name Berne hingegen ist von der Berner Au, dem hier fließenden Bach, als Baren abgeleitet, und hat die Bedeutung von „Bachlauf“.
Im Gegensatz zu Bramfeld und Steilshoop, gehört Farmsen-Berne schon seit dem 16. Jahrhundert zu Hamburg. Bereits 1589 hatte die Stadt sämtliche Hoheitsrechte an Farmsen erworben und es in die Landherrenschaft Walddörfer eingegliedert.
Obwohl das Gut Berne vermutlich schon seit den 1830er Jahren dem größeren Farmsen zugeordnet wurde, kamen beide Stadtteile erst 1874 zur Landherrenschaft der Geestlande und bildeten seitdem eine Gemeinde, blieben jedoch getrennte Ortschaften.
Mehrere Versuche, Farmsen-Berne an das Eisenbahnnetz anzuschließen schlugen fehl, bereits in den 1860er Jahren hätte ein Anschluss an die Eisenbahnstrecke Hamburg-Lübeck realisiert werden können. Erst mit dem Bau der Walddörferbahn 1920 erhielten beide Orte dann ihre Bahnstationen.
Sichtbare Zeugnisse der Geschichte sind die beiden erhaltenen Gutshäuser. Über das Farmsener Anwesen ist nicht viel bekannt, hier war jahrzehntelang die örtliche Ortsdienststelle untergebracht. Die Geschichte des Berner Gutshauses ist jedoch gut dokumentiert, erstmals wurde es 1296 als Berner Meyerhof urkundlich erwähnt. Der angrenzende Schlosspark ist auch heute noch einen Ausflug wert.
Im 20. Jahrhundert entstanden die beiden Gartenstädte, wobei die Berner Gartenstadt die ältere ist, erbaut zwischen 1919 und 1929 von der Wohngenossenschaft Gartenstadt. Die Schaffung von günstigem Wohnraum ließ die Einwohnerzahlen rapide ansteigen.
Anfang der 1950er Jahre folgte die Gartenstadt Farmsen mit mehr als 2500 Wohnungen, errichtet durch die Neue Heimat.
Die Zeit als einsame Vorposten in preußischem Gebiet, endeten für Farmsen und Berne erst 1937/38, als auch die Nachbarn zu Hamburg kamen und eigene Stadtteile wurden.
